[追記あり / 2013-04-12 16:58]
プラグイン>Emmet>Preferences…から変更できるようになってますね!
これどのバージョンから設定できてたんだろう、全然気づかなかった。
html:4tとかhtml:xtとかをexpand abbreviationしたらbodyタグの無いコードが生成されて、おかしいなぁと設定を見てみたら発見したというわけ
そして肝心のbodyタグがなくなる現象の原因は未だ発見できず。
こうゆうのことわざでなんていうんでしょう。
TEA for Codaもインストールしてるから駄目なのかな?
追記
喜び勇んで投稿しちゃったけど、coda2自前のクリップ挿入機能(tabトリガー?)が効かなくなってしまった。
それはそれで困るので以前の状態へ戻す事にしました(´・ω・)